정의 일본뇌염은 Flavivirus속 일본뇌염 바이러스에 의한 인수 공동 감염병으로 작은빨간집모기(Culex tritaeniorhynchus)에 의해 매개된다.
아시아지역 소아에서 발생하는 대표적인 뇌염으로 매년3~5만 명이 감염되어 약30%의 사망률을 보이며 회복되어도 1/3 에서 신경계 합병증을 남기는 질환이다.
일단 일본뇌염에 걸리면 특별한 치료 방법이 없으므로 예방이 최선이며 예방접종사업과 관련하여 개선된 백신을 개발하기 위한 연구가 지속되고 있다.
병원체의 특성 일본뇌염 바이러스는 positive ssRNA바이러스로 Flaviriridae과의 arbovirusB군에 속하며, 바이러스의 직경은 40~50nm 정도의 정이십면체이다. 세포증식이 비교적 느리며, 바이러스의 표면에는 감수성이 있는 세포에 흡착 (adsorption) 하는 항원이 있고 감염된 다음에는 혈구응집(HA) 항체를 비롯하여 중화항체, 보체결합항체 등의 여러 가지 항체가 나타난다. 에테르에 감수성이 있으며, 데옥시코올산 나트륨에 의해서 급속하게 불활성화된다.
단백분해효소인 트립신에 의해서도 불활성화된다. 50℃에서 10분간 가열하면 생존율은 약 0.1%로 급속히 감소되나 -70℃ 이하에서는 안정성이 유지된다. 동결건조하면 10년 이상 감염력을 유지한다.
2000배 희석 포르말린으로 처리하면 5일 후에 생존율은 0.1%이하로 떨어진다. 일본뇌염 바이러스의 혈청형은 하나뿐이다.
전파경로 바이러스를 가진 모기에 물리면 감염된다. 일본뇌염은 Culex속 모기(집모기)에 의해 매개되는데 모기는 야생 조류나 일부 포유류로부터 감염된다. 주로 돼지가 바이러스의 증폭 숙주로서의 역할을 하는 것으로 알려져 있다.
증상 약 250명의 감염자 중 1명만이 뇌염 증상을 보인다. 일본뇌염 환자의 1/2은 4세 미만의 소아에서 발생하며 거의 모든 환자는 10세 미만의 소아에서 발생한다. 일부에서는 열이 나거나 바이러스성 수막염 등의 가벼운 증상으로 발생하기도 하지만 주요한 증상은 뇌염으로 7~14일의 잠복기를 거친 후 주증상으로 갑작스런 고열, 두통, 의식장애, 경련, 의식 소실 등을 보인다. 뇌, 수막, 척수를 포함하여 중추신경계 전반에 걸쳐 병변이 나타날 수 있으며 침범 부위와 정도에 따라 다양한 증상을 나타난다.

임상 형태로는 감기, 몸살 정도의 미약한 증상의 부전형, 수막 자극증세와 함께 뇌막염을 동반하는 수막형, 폴리오와 유사한 증상을 나타내는 척수형이 있는데 특히 연수형의 경우에는 가장 위중한 형태로 연수, 뇌교, 시신경, 안면신경, 미주신경 등 뇌신경을 침범하고 호흡중추가 마비되어 사망할 수도 있다. 뇌염형은 흔히 말하는 뇌염으로 초기에 두통과 몸살을 호소하다가 발열과 위장관 증세가 나타난다. 성격변화와 신경증상이 나타난 후 오한과 두통이 심해지면서 고열과 함께 경련 및 의식 소실과 혼수상태로 진행하는 것이 전형적인 임상양상이다.

합병증으로는 연축성 마비, 중추신 경계 이상, 기면, 진전 등이 있다. 뇌염으로 진행된 경우 5 ~70%의 높은 사망률을 보이고 장애율은 75%이다.
진단 지역, 발생계절, 연령, 고열 및 의식 장애 등의 임상증상과 척수액 소견 등으로 일본뇌염을 의심하게 되나, 확진은 혈청학적 진단으로 질병 초기 혈청에서 virus-specific IgM 항체를 검사하거나 hemagglutination inhibition test(HI), complement fixation test(CF), neutralization test, enzyme immunoassay, IgM-capture EIA 등을 이용하여, 급성기와 회복기 혈청에서 IgG 항체를 측정하여 항체가가 4배 이상 증가되면 진단할 수 있다.

뇌조직에서의 바이러스추출 및 형광 항체 염색을 통한 항원검출, DNA hybridization에 의한 viral RNA의 검출로 진단할 수 있으며, 최근에는 중합효소연쇄반응(PCR)을 이용하여 바이러스를 검출할 수 있다.

검사는 질병관리본부 국립보건연구원 신경계바이러스팀으로 의뢰할 수 있으며 필요한 검체는 급성기혈청과 14일 이후의 회복기혈청 및 뇌척수액으로 4℃ 를 유지하여 의뢰서와 함께 의뢰하면 된다. 검사는 혈청검사와 바이러스 유전자 검출을 위한 RT-PCR 등을 시행하게 된다.